Französisches Stromsystem
Die Strecke St. Johann–Bahnhof SBB wird als Elsässerbahn bezeichnet. Sie ist im Besitz der SBB, ist aber mit dem französischem Stromsystem elektrifiziert. Diese Strecke kann von schweizerischen Zügen nur befahren werden, die entweder mit sogenannten 2-System-Lokomotiven resp. Triebwagen ausgerüstet sind oder mit Dieselloks.
Beschränkte Leistungsfähigkeit
Die im Rechtsbetrieb geführte doppelspurige Linie Mulhouse–Saint-Louis–Basel St. Johann–Bahnhof SBB verfügt aufgrund der Dichte und Verschiedenartigkeit der Züge (S-Bahn, Interregiozüge, TGV, Güterzüge) nur über geringe Kapazitätsreserven.
Schwierige Westeinfahrt in Bahnhof SBB
Je nach Zugsart und Stromsystem der Triebfahrzeuge fahren die ankommenden Züge in drei verschiedene Gleisgruppen beim Bahnhof SBB ein. Die Zugseinfahrten kreuzen sich mit Zügen der Gegenrichtung. Die Umstellung von Rechts- auf Linksbetrieb und zahlreiche Rangierfahrten (Lokwechsel, Veränderung von Zugskompositionen) sind weitere Erschwernisse der Westeinfahrt. Rangierfahrten können nicht auf die stark belastete Osteinfahrtseite verlegt werden.
Mögliche Leistungssteigerung im Bahnhof SBB (Westeinfahrt)
Ergänzungen an der bestehenden Gleisanlage (neue Weichenstrassen) in der Westeinfahrt bedingen einen Neubau der Margarethenbrücke. Die meisten Fahrwegkonflikte bleiben aber trotzdem bestehen. Signalhalte bei der Einfahrt in den Bahnhof SBB und Verzögerungen für ausfahrende Züge sind die Folge. Erst ein kostspieliges und städtebaulich heikles Entflechtungsbauwerk könnte diese Konflikte entschärfen.