Planung
Ein Teil der Zulaufstrecken soll vor dem Bau des Herzstücks ausgebaut werden.
Schienenanschluss Euroairport (EAP)
Bei der Variante Mitte würde der EAP durch die S-Bahnlinien 9 und 11, je im 30-Minuten-Takt erschlossen werden. Beim weiteren Ausbau des Herzstücks zur Variante Y könnte der EAP durch vier Züge pro 30 Minuten erschlossen werden. Sollten zusätzliche Fernverkehrszüge den EAP erschliessen, so können diese nicht via Herzstück-Tunnel (Var. Nord oder Y) geführt werden.
Elektrifizierung Hochrhein
Die DB-Strecke Basel Bad. Bahnhof–Waldshut–Schaffhausen muss elektrifiziert werden, wenn zumindest die Regionalzüge aus Waldshut in den Herzstück-Tunnel eingeführt und bis zum Bahnhof SBB geführt werden sollten. Die Elektrifizierung der Hochrheinstrecke zwischen Basel Bad. Bahnhof und Schaffhausen ist bis 2016 vorgesehen.
Wiesental
Die Strecke ins Wiesental erschliesst die Siedlungsschwerpunkte sehr gut, jedoch ist sie fast nur einspurig. Sie müsste mit Doppelspurinseln ausgebaut werden, sofern auch dort der 15-Minuten-Takt eingeführt werden sollte.